La FAGE émet de grosses réserves sur cette innovation technologique. En effet la perte de la possibilité d'échange en "présentiel" entre l'enseignant et l'étudiant pose un réel problème car il dématérialise totalement l'enseignement supérieur. Comment l'étudiant peut-il s'approprier des notions et les transformer en compétences qu'il pourrait mettre en pratique quand il n'a pas l'opportunité d'en débattre de vive voix? La question des stages se pose également ! Comment peut-on éviter la perte totale de relations sociales lorsque l'étudiant passe ses journées devant son ordinateur? Comment s'assurer de la compétence réelle de l'enseignant? Qui contrôlera la qualité des enseignements ? Autant de questions qui restent actuellement sans réponses.

D'autre-part, la FAGE dénonce le manque de considération du ministère pour les organisations étudiantes représentatives, qu'il n'a pas daigné inviter lors des discussions de mise en place de cette université numérique.

Pourtant, ce type de dispositif présente un potentiel important, notamment en terme de démocratisation de l'enseignement supérieur. L'accessibilité à la connaissance, via internet, peut être un formidable levier pour notre pays. Cependant, elle ne doit pas être la panacée : un étudiant évoluant dans un contexte social favorisé aura toujours plus de chance de réussite via un Mooc qu'un étudiant isolé.

Aussi, la FAGE estime qu'il est important de considérer les Moocs comme un outil complémentaire à la formation, au service d'une pédagogie centrée sur les besoins de l'étudiant, mais en aucun cas de considérer cet outil comme une alternative totale à une formation en présentiel.